سرانجام اين عالم ربانى در دهم شوال 1321 ه . ق . در تهران وفات كرد و جنازه ايشان را به نجف انتقال داده و در صحن مطهر [ حجره سوم دست چپ از باب القبله ] دفن نمودند . « 1 » مكتب سامرا ورود آيت اللّه العظمى ميرزا محمّد حسن شيرازى رحمه‌الله ( صاحب فتواى تحريم تنباكو ) به ديار عسكريين به آن ديار حيات علمى و فرهنگى بخشيد و روح تازه‌اى در كالبد اين شهر غريب و مظلوم دميده شد . قبل از آن سامرا در انحصار اهل سنت بود و ميدانى بود براى رقابت عشاير و تعصبات قبايل ، شيعه و زوّار امامان امنيت نداشتند و جوار حضرت هادى و حضرت عسكرى عليهماالسلام با فرهنگ شيعى و علوم آن بيگانه بود . آمدن ميرزا سبب شد كه اين شهر از الطاف الهى بهره‌مند شود و جويبارى عظيم از نهر جارى حوزه و ميراث عظيم آن در اين شهر جريان يابد ، طلاب گروه گروه از اقطار عالم اسلام ، براى كسب دانش به سرزمين مقدس عسكريين سرازير شدند ، مدارس علمى در آن بر پا شد تا جائى كه « هجرت به سامرا در ايام ميرزا در عرضِ هجرت به نجف معمول شد و تدريس دروس مقدمات و علوم عالى علاوه بر درس ميرزا فراوان شد » . « 2 » مكتب سامرا در اصطلاحِ عالمانْ به شيوه آموزش و تعليماتىِ ميرزاى شيرازى اطلاق مىشود ، در واقع ، سيره قيادت و رهبرىِ ميرزا در دورانِ مرجعيت و زعامتش را در بر مىگيرد ، از آن جا كه ثِقل حركت‌هاى علمى و فرهنگى و سياسى ميرزا در سامرا انجام يافته است به مكتب سامرا شهرت يافته است . « 3 »

--> ( 1 ) . معارف الرجال ، ج 3 ، ص 228 . ( 2 ) . معارف الرجال ، ج 1 ، ص 87 ؛ مجله حوزه ، شماره 50 - 51 ؛ نظام آموزشى مكتب سامرا ، ص 84 ، ص 1371 . ( 3 ) . مجله حوزه ، شماره 50 - 51 ؛ نگرشى به مكتب سامرا ، ص 80 .